Τα Επιμορφωτικά Κέντρα υπάγονται διοικητικά στη Διεύθυνση Δημοτικής Εκπαίδευσης και την ευθύνη λειτουργίας τους έχει ο Επιθεωρητής των Επιμορφωτικών Κέντρων. Αναλυτικά η οργανωτική δομή τους έχει ως εξής:
Υπηρεσία Διαδικτύου και Επικοινωνίας - Υπουργείο Παιδείας, Αθλητισμού και Νεολαίας
